Большой практикум по молекулярной биологии (профиль Биохимия)
Тематический план
- Общее
- Тематический блок 1. Ознакомление с оборудованием, посудой и реактивами для молекулярно-биологических исследований. Часть 1-2
Тематический блок 1. Ознакомление с оборудованием, посудой и реактивами для молекулярно-биологических исследований. Часть 1-2
Оборудование: амплификатор, термостат твердотельный, термостат суховоздушный, камера для электрофореза, источник постоянного тока для электрофореза, трансиллюминатор, центрифуга-вортекс, высокоскоростная центрифуга, одноканальные дозаторы переменного объема, штативы (для пробирок, микропробирок, наконечников). Стеклянная посуда общего назначения: лабораторные стаканы, пробирки (химические, биологические, центрифужные), колбы (плоскодонные, круглодонные, конические, Бунзена, Вюрца), воронки (для фильтрования, делительные, капельные), бюксы, кристаллизаторы, эксикаторы, мерная посуда (мерные колбы, мерные цилиндры, мензурки, пипетки), чашки Петри. Фарфоровая посуда общего назначения: ступки с пестиками, стаканы, шпатели, ложки. Пластиковая посуда общего и специального назначения: пробирки, микропробирки, пипетки, пипетки Пастера, чашки Петри, наконечники для дозаторов (с фильтрами, без фильтров), микропланшеты. Реактивы разных квалификаций в упаковках разных производителей: хлорид натрия (чда), динатриевая соль ЭДТА (хч), бромфеноловый синий (reagent grade).
- Тематический блок 2. Овладение приемами обращения с оборудованием и посудой, используемыми для молекулярно-биологических исследований. Часть 1-2
Тематический блок 2. Овладение приемами обращения с оборудованием и посудой, используемыми для молекулярно-биологических исследований. Часть 1-2
Формирование умений взвешивания, центрифугирования, перемешивания и дозирования жидкостей на примере регенерации силикагеля.
- Тематический блок 3. Приготовление однокомпонентных растворов с заданной концентрацией. Часть 1-2
Тематический блок 3. Приготовление однокомпонентных растворов с заданной концентрацией. Часть 1-2
Приготовление растворов из сухих навесок (10% (w/w) додецилсульфат натрия, 5М хлорид натрия, 2н гидроксид натрия, 100мМ хлорид магния, сахароза 0,1 г/мл). Приготовление растворов с меньшей концентрацией из растворов с большей концентрацией путем разведения (1% (w/v) додецилсульфат натрия, 3М хлорид натрия, 0,5н гидроксид натрия, 25мМ хлорид магния, сахароза 0,04 г/мл).
- Тематический блок 4. Приготовление буферных растворов с заданной концентрацией и pH-среды. Часть 1-2
Тематический блок 4. Приготовление буферных растворов с заданной концентрацией и pH-среды. Часть 1-2
Приготовление 0,08М раствора триса ацетатного (рН 8,0). Приготовление 0,178М раствора триса боратного (рН 8,0). Приготовление 0,025М раствора ЭДТА∙Na3 (pH 8,0). Приготовление 0,08М раствора триса ацетатного (рН 8,0). Приготовление однократного трис-ацетатного буфера (ТАЕ), рН 8,0. Приготовление однократного трис-боратного буфера (ТВЕ), рН 8,0.
- Тематический блок 5. Определение рН буферных растворов с помощью рН-метра. Часть 1-2
Тематический блок 5. Определение рН буферных растворов с помощью рН-метра. Часть 1-2
Подготовка электрода к работе. Градуировка рН-метра. Измерение рН буферных растворов.
- Тематический блок 6. Стерилизация лабораторной посуды, расходных материалов, инструментов и растворов. Часть 1-2
Тематический блок 6. Стерилизация лабораторной посуды, расходных материалов, инструментов и растворов. Часть 1-2
Прокаливание бактериологической петли в пламени спиртовки, стерилизация пипеток кипячением, стерилизация стеклянной посуды сухим жаром, стерилизация растворов фильтрованием через бактериальные фильтры (глубинные и мембранные).
- Тематический блок 7. Посев штаммов кишечной палочки на плотную и жидкую питательные. Часть 1-2
Тематический блок 7. Посев штаммов кишечной палочки на плотную и жидкую питательные. Часть 1-2
Посев штаммов E. coli JM109, pUC19 и pBR322 на агар и в бульон на основе кислотного гидролизата казеина (JM109 – на среды без антибиотиков; pUC19 и pBR322 – на среды с добавлением ампициллина).
- Тематический блок 8. Качественные реакции на белки. Часть 1-2
Тематический блок 8. Качественные реакции на белки. Часть 1-2
Приготовление раствора белка. Проведение цветных реакций на белки. Осаждение белков из растворов.
- Тематический блок 9. Выделение водорастворимых белков из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Тематический блок 9. Выделение водорастворимых белков из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Приготовление экстрагирующего раствора для выделения водорастворимых белков из культуры кишечной палочки. Приготовление суспензии клеток из культуры кишечной палочки, выращенной на плотной питательной среде. Выделение водорастворимых белков из культуры кишечной палочки. Проведение цветной реакции с раствором выделенного белка.
- Тематический блок 10. Выделение геномной ДНК нейтральным методом из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Тематический блок 10. Выделение геномной ДНК нейтральным методом из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Приготовление взвеси клеток из культуры кишечной палочки в растворе лизоцима (1 мг/мл); осуществление лизиса клеток путем добавления лизирующего раствора (1% додецилсульфат натрия, 25 мМ ЭДТА); высаливание белков 5М раствором хлорида натрия; осаждение ДНК 96%-ным этиловым спиртом.
- Тематический блок 11. Выделение геномной ДНК нейтральным методом из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Тематический блок 11. Выделение геномной ДНК нейтральным методом из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Лиофилизация геномной ДНК с последующим растворением в дистиллированной воде. Приготовление агарозного геля и проведение электрофореза геномной ДНК различных штаммов E. coli.
- Тематический блок 12. Выделение плазмидной ДНК щелочным методом из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Тематический блок 12. Выделение плазмидной ДНК щелочным методом из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Приготовление взвеси клеток из осадка бульонной культуры кишечной палочки в растворе, содержащем: лизоцим (1 мг/мл), глюкозу 50мМ, ЭДТА 10мМ, Трис-HCl 25мМ (рН 8,0); осуществление лизиса клеток путем добавления лизирующего раствора (1% додецилсульфат натрия; 0,2М ЭДТА); высаливание белков 3М ацетатом натрия (рН 4,8); осаждение ДНК 96%-ным этиловым спиртом.
- Тематический блок 13. Выделение плазмидной ДНК щелочным методом из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Тематический блок 13. Выделение плазмидной ДНК щелочным методом из культуры кишечной палочки. Часть 1-2
Лиофилизация плазмидной ДНК с последующим растворением в дистиллированной воде. Приготовление агарозного геля и проведение электрофореза плазмидной ДНК различных штаммов E. coli.
- Тематический блок 14. Рестрикционный анализ плазмидной ДНК кишечной палочки. Часть 1-2
Тематический блок 14. Рестрикционный анализ плазмидной ДНК кишечной палочки. Часть 1-2
Приготовление реакционной смеси для рестрикции (рестрикционный буфер, эндонуклеаза рестрикции, бидистиллированная вода). Внесение плазмидной ДНК кишечной палочки в реакционную смесь с последующей инкубацией при оптимальной для фермента температуре.
- Тематический блок 15. Рестрикционный анализ плазмидной ДНК кишечной палочки. Часть 1-2
Тематический блок 15. Рестрикционный анализ плазмидной ДНК кишечной палочки. Часть 1-2
Приготовление агарозного геля и проведение электрофореза рестрикционных фрагментов плазмидной ДНК E. coli.
- Тематический блок 16. Проведение полимеразной цепной реакции с использованием ДНК плазмиды pUC19 кишечной палочки. Часть 1-2
Тематический блок 16. Проведение полимеразной цепной реакции с использованием ДНК плазмиды pUC19 кишечной палочки. Часть 1-2
Подготовка реакционной смеси, настройка термоциклера и проведение амплификации.
- Тематический блок 17. Проведение полимеразной цепной реакции с использованием ДНК плазмиды pUC19 кишечной палочки. Часть 1-3
Тематический блок 17. Проведение полимеразной цепной реакции с использованием ДНК плазмиды pUC19 кишечной палочки. Часть 1-3
Приготовление агарозного геля. Учет результатов ПЦР методом горизонтального электрофореза.
- Самостоятельная работа обучающегося
- Методические и иные документы, разработанные для обеспечения образовательного процесса
- Фонд оценочных средств
- Дополнительные материалы
- Промежуточная аттестация