Дисциплина Биофизика белка (7 семестр)

1.  Расчет ньютоновских траекторий движения. Метод нормальных мод.

2.  Методы  ускорения расчетов молекулярной динамики.

3.  Учёт влияния среды в молекулярной динамике. Периодические граничные условия.

4.  Термостаты в молекулярной динамике.

5.  Методы докинга лигандов в активных центрах белков. Метод Монте-Карло. Метод Монте-Карло с критерием Метрополиса.

6.  Глобальная оптимизация в пространстве последовательностей аминокислот.

7.  Локальная и глобальная минимизация потенциальной энергии биомакромолекул. Туннельный алгоритм. Методы интервального анализа.